SNP/单核苷酸多态性分析 服务编号 服务项目 内容说明 价格 周期 SNP01 TaqMan探针法 荧光定量PCR仪 15元/SNP 2-4周 SNP02 SNaPshot法 ABI 测序仪 15元/SNP 1-4周 SNP03 HRM法 荧光定量PCR仪 10元/SNP 1-3周 SNP04 MassArray法 Sequenom质谱仪 询价 2-4周 SNP05 BeadXpress法 Illumina BeadXpress 询价 10-15周 SNP06 数据分析服务 进行疾病关联性等群体遗传学分析 询价 1-2周 背景介绍: SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。根据实验目的和通量的不同,瑞金特通过以下五种方式来提供SNP检测服务: 服务项目: 1. TaqMan探针法 针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时,该探针与模板退火,即产生了适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。通常用于少量SNP位点分析(见图4)。 T G G T 图4 某SNP位点分析结果 A.纯合(G/G) B.杂合(G/T) 2. SNaPshot法 该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析(见图5)。 图5 人线粒体22个SNP位点的SNaPshot实验结果 3. HRM法 高分辨率熔解曲线分析(HRM)是近几年兴起的SNP研究工具,它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况,来判断是否存在SNP,而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形,因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限,无需序列特异性探针,在PCR结束后直接运行高分辨率熔解,即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针,操作简便、快速,成本低,结果准确,并且实现了真正的闭管操作(图6)。 图6 某基因的SNP(G>A)进行HRM分析的结果。A图为熔解曲线,B图为差异图 4. Mass Array法 MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具,通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合,实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测,实验设计灵活,分型结果准确性高。根据应用需要,对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时,MassARRAY具有最佳的性价比,特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证,或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。 5. Illumina BeadXpress法 采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测,可以同时检测1-384个SNP位点,往往用于基因组芯片结果确认,适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,极高的集成密度,从而获得极高的检测筛选速度,在高通量筛选时可显著降低成本。 送样要求: 细胞(≥106)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(体积≥20μl,浓度≥50 ng/μl)。 提供结果: 检测SNP的原始数据、数据分析结果及书面报告。 相关技术服务 服务编号 服务项目 内容说明 EXT01 DNA提取 从组织材料或血液等样本材料中提取基因组DNA,可应用液体工作站进行批量处理 EXT02 血清DNA提取 从1-5ml血清中提取游离DNA EXT03 石蜡包埋组织DNA提取 从石蜡包埋的组织块中提取DNA 相关产品 名称 品牌 规格 说明 快速qPCR Kit(TaqMan探针法) 1/5/10ml 能够在40分钟内完成反应,同时保证扩增效率和特异性 热启动Taq酶 250/500/1000U, 2.5U/μl 化学修饰,热启动,特异性极好,性价比很高 基因组DNA提取试剂盒 50/100次 离心柱型,纯度更高 DNA快速提取试剂 50/100/250/500次 20分钟完成提取,操作简便 POP4胶 7ml 3130/3100系列测序仪用 POP7胶 28ml 3730系列测序仪用 310毛细管 47cm,5根 基因分型用
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